सरकार ने वित्त वर्ष 2017-18 का सालाना जीएसटी रिटर्न भरने के लिए ऑनलाइन सेवा शुरू कर दी है। इसके लिए फॉर्म जीएसटीआर-9 ऑनलाइन कर दिया गया है। जीएसटी लागू होने के बाद के इनपुट टैक्स क्रेडिट हासिल करने के लिए भरा जाने वाला यह सबसे जरूरी फॉर्म है। इसे भरने की आखिरी तारीख 31 दिसंबर 2018 थी, लेकिन आखिरी दिनों तक यह सेवा ऑनलाइन नहीं होने के चलते इसकी तारीख छह महीने आगे बढ़ानी पड़ी थी। जीएसटीएन के एक अधिकारी ने बताया कि फॉर्म जीएसटीआर-9 बुधवार से ‎शुरू कर दिया गया है और यह कॉमन पोर्टल पर फाइलिंग के लिए उपलब्ध है। इसके तहत जुलाई 2017 से 31 मार्च 2018 की पूरी जानकारी भरी जा सकती हैं। 
जीएसटीआर-9, जीएसटीआर-9ए और ऑडिट फॉर्म जीएसटीआर-9सी  भरने की आखिरी तारीख 30 जून 2019 है, लेकिन ये फॉर्म वही टैक्सपेयर भर पाएंगे, जिन्होंने इस अवधि के सभी महीनों या तिमाहियों के जीएसटीआर-1 और जीएसटीआर-3बी भर दिए हों। वा‎र्षिक रिटर्न के तहत 31 मार्च 2018 तक के इनपुट टैक्स क्रेडिट का आकलन संबंधित महीनों के भरे गए जीएसटीआर-1 और ऑटोपॉपुलेटेट जीएसटीआर-92ए के आधार पर किया जाएगा। जिन लोगों ने 29 जनवरी 2019 तक संबंधित महीने का जीएसटीआर-1 भर दिया है, उनका जीएसटीआर-2ए अपडेशन 1 मार्च 2019 तक हो गया है। अगर किसी सप्लायर को उसके क्रेडिट मिसिंग दिख रहे हैं तो उसे अगले अपडेशन तक इंतजार करना होगा।