आयुर्वेद में कई बीमारियों के इलाज के लिए सदियों से गुड़ का इस्तेमाल किया जा रहा है। लेकिन कई दूसरी चीजों की ही तरह कई फायदों वाले इस गुड़ के कुछ नुकसान भी हैं, हालांकि यह इस बात पर निर्भर करता है कि आप किस क्वॉलिटी का गुड़ खा रहे हैं और आपको सेहत से जुड़ी कोई समस्या है या नहीं। 100 ग्राम गुड़ में 385 कैलरीज होती है, लिहाजा वैसे लोग जो डायटिंग कर रहे हों उनके लिए गुड़ बिलकुल भी अच्छा नहीं है। गुड़ की थोड़ी सी मात्रा से वैसे तो कोई खास नुकसान नहीं होगा लेकिन बहुत ज्यादा गुड़ खाने से वजन बढ़ने का खतरा रहता है। गुड़ में शर्करा और कार्बोहाइड्रेट्स की मात्रा भी बहुत अधिक होती है लिहाजा वेट लॉस प्लान फॉलो करने वालों के लिए गुड़ ठीक नहीं है। गुड़ में मौजूद पोषक तत्वों को आप उन चीजों से हासिल कर सकते हैं जिसमें कैलरी की मात्रा कम हो। वैसे तो गुड़ को चीनी से बेहतर माना जाता है लेकिन आखिरकार गुड़ होता तो मीठा ही है लिहाजा ज्यादा गुड़ खाने से शरीर में ब्लड शुगर लेव बढ़ सकता है। 10 ग्राम गुड़ में 9.7 ग्राम शर्करा होता है। गुड़ को आमतौर पर अनहाइजीनिक जगहों पर बनाया जाता है जिससे कई बार उसमें माइक्रोब्स बनने का खतरा रहता है और इस तरह के गुड़ का सेवन करने से आपकी सेहत खराब हो सकती है। 
अगर ताजे गुड़ का सेवन किया जाए तो इससे डायरिया होने का खतरा रहता है। कुछ लोगों ने तो ताजे बने गुड़ को खाने के बाद कब्ज होने की शिकायत भी की है। अगर गर्मियों में ज्यादा गुड़ का सेवन किया जाए तो इससे नोज ब्लीडिंग यानी नाक से खून आने की समस्या हो सकती है। लिहाजा गर्मियों के मौसम में ज्यादा गुड़ न खाने की सलाह दी जाती है। गुड़, चीनी की तरह रिफाइंड नहीं होता और इसलिए इसमें सुक्रोज की मात्रा बहुत अधिक होती है। लिहाजा अगर आपको सूजन या जलन संबंधी कोई बीमारी है जैसे- रियुमेटॉइड आर्थराइटिस तो आपको गुड़ का सेवन नहीं करना चाहिए। स्टडी में यह बात सामने आयी है कि सुक्रोज, ओमेगा 3 फैटी ऐसिड में बाधा डालकर सूजन और जलन की समस्या को बढ़ा सकता है। आयुर्वेद की मानें तो मछली और गुड़ को एकसाथ कभी नहीं खाना चाहिए क्योंकि इससे बेहद गंभीर साइड इफेक्ट होने का खतरा रहता है। साथ ही अगर आप अल्सर की समस्या से परेशान हैं तो आपको किसी भी कीमत पर गुड़ का सेवन नहीं करना चाहिए। मालूम हो कि ढेर सारे पोषक तत्वों से भरपूर होने की वजह से गुड़ ज्यादातर लोगों का फेवरिट होता है और बहुत से लोग इसे चाव से खाते हैं। गुड़, एनर्जी का सोर्स होने के साथ-साथ मेटाबॉलिज्म को भी बढ़ाता है।